Il semblerait que l'origine du nom vienne d'un domaine gallo-romain "Villa Pestoni".
D'abord seigneurie Peuton est érigée en paroisse au XIIIème siècle. La paroisse de Peston prend le nom de Saint-Jean-de-Peuton en 1743. La révolution touche la commune puisqu'en 1792 l'église est envahie et le presbytère pillé. La population atteint 531 habitants en 1851 puis décroît par la suite en raison de l'exode rurale jusque dans les années 90.
Au 1er Janvier 2024 la commune comptabilise 243 Peutonnais, nom de ses habitants.
Les principaux monuments :
- L'église Saint Jean-Baptiste : époque romane, XVII et XVIIIème siècle avec son retable du maître-autel (1683).
- Le manoir de la Girouardière daté du 16è siècle, début XVIIème est inscrit sur l'inventaire supplémentaire des monuments historiques pour ses éléments suivants : Le logis, la chapelle, le four à pain et la tour protégeant l'entrée au nord en totalité ; Les façades et toitures du bâtiment commun, ainsi que le terrain d’assiette archéologique de l'ancien système de défense.
- L'ancien presbytère devenu mairie fin des années 80, ainsi que ses alentours.